除了东北关外的事务，很多繁重的改革程序也在推进中。朝廷大部分汉人官员都强烈要求科举改革，因为满清入关之后，大量官职都由满人和汉军旗人担任，对科举进士的需求量并不大，每科取士的数量比前明减少了大约四成，官员们希望能增加录取名额，弥补过去三十年的录取不足。另外，黄宗羲、顾炎武的弟子们纷纷上书，总结前明败亡的教训，要求科举增加更多经世济民的考题，减少四书五经的内容。
有鉴于此，由常镇业主持，从本年春天的定永十一年乙丑科会试开始，逐步推行科举改制。常镇业认为，科举事关天下读书人的功名前程，不改肯定不行，改革步子迈得太大也不行，俗称“容易扯到蛋”。因此，科举改制的定调是“小步快跑”，关于这一点，无论是两京军机处还是黄宗羲、顾炎武的那些弟子们，都非常赞成。
所以这一科的具体改动是：会试仍为三场，第一场考四书经义及诗文，第二场考判、诏、诰、表，第三场考策论，但前两场只黜退文理不通、判决失据和诏、诰、表文失意犯禁者，合格者的名次由第三场决定，这样一来策论的权重就陡然上升。
会试录取名额固定为三百人，以名次录取，但任意一省录取不少于十人。在三百人外，再设副榜六十人，以未中式者中年满五十四岁而名次列前者，副榜上榜者称“加恩同贡士出身”，不得参加殿试，由吏部和礼部联合接收，培训之后直接放外府督学。总共三百六十人可以步入官僚阶层。
会试之后的殿试在保和殿举行，由皇帝出题考策论一道，只排名次，不黜落考生。仍依前明旧制，取一甲三名进士及第、二甲五十七名进士出身，三甲二百四十名同进士出身。除三鼎甲外，其余考生年不满三十七岁者，准参加朝考，朝考仍在保和殿举行，取前六十九名，入翰林院庶常馆为庶吉士。相比前明或者清朝，朝考的年龄线下调了三岁，录取名额却一下子达到了原来的三倍。按照“翰林入阁”的习惯，进士们的前途又拓宽了不少。
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