皇帝朱慈炤对派人赴日吊唁并无意见，只是嘱咐毛渊明要挑选适当的人选，以及准备足够的礼物，总之，不能失了大明的国体。
鲁王朱弘桓只有十八岁，对出使日本表现得非常紧张。这也难怪，朱弘桓是遗腹子，自幼无父，在东宁托庇于宁靖王府长大，性情软弱胆小怕事，从未单独承担过任何差遣。不过，朱弘桓一向把郑氏视为靠山，在听说郑克臧也一起去之后，才稍稍放下心来，接受任命。
郑克臧的反应比许纬辰期待的还要再好一些，听说要前往日本，立刻来了兴致，还非常认真地告诉许纬辰，闲暇之时，自己听毛大叔讲了许多五洋七海的山川形胜，也听过西洋商人说起过世界各地的风土人情，只恨没有机会出海一游，如今能去日本，虽然不算扬帆七海，好歹也可以过过瘾。
唯独黄宗羲推说自己年事已高，不便舟楫出海，但对与日本儒家学者交流一事倒是非常有兴趣，推荐了自己的儿子黄百家和爱徒万斯同。黄百家和万斯同迄今都没有正式的朝廷官职，只是作为黄宗羲的助手在国子监任教。为了看上去体面，毛渊明特事特办，以皇帝的名义下旨，赐黄百家进士出身，实授南京礼部员外郎，挂南京礼部侍郎衔。本来还打算给万斯同同等待遇，但万斯同坚辞不受，毛渊明也只得作罢。
酒井忠能对许纬辰的计划不置可否，反正要回去请大哥酒井忠清作主，但时间紧迫，必须尽快出发。
姜承志和孙广越于是立马开始筹备出发的事宜，最终选定了六月十七，分坐两艘大船出发，这样顺利的话，六月底之前能够到达江户。那粹听说去日本，向姜承志提出要一起去。姜承志觉得多一人也无妨，而且那粹在南京也没有事情可做，便答应带上他。
赴日吊唁使团走后的第二天，赴东宁的安抚使团也登船出发。
安抚使团的规格虽然远不如赴日吊唁使团，但人数众多，阿兰等女眷还要特别安排，所以座船反而多达四艘。李书同、庄寒天和陈枫需要张罗所有人的事务，尤其是陈枫，每当和这些福建人打交道的时候，就得格外忙碌。
送走了两拨人，许纬辰还没有时间喘一口气，项绍宽和范承谟已经前后脚回到了南京。
项绍宽之前带着尚崇谧到广东招抚尚之信的部众，大有成效。等尚之信的死讯传到广州，城内的军心立刻瓦解，项绍宽又宣布降者无罪，于是守军毫不犹豫地投降。在初步处理好广州的事务之后，项绍宽以军机处的名义任命洪磊署理两广总督，暂驻广州维持局面，自己带着尚崇谧和一众尚氏族人，前往南京。
范承谟奉旨到福州，命耿精忠父子到南京面圣聆训。耿精忠自然是想抵赖不来，奈何范承谟出示了耿精忠与尚之信私相往来的书信，并且声明若不奉诏可以就地处决，吓得耿精忠不得不跟随上路。
军机处安排耿精忠到武英殿面见皇帝，并且严旨训斥。如今南方战事已定，而且其本人的势力也大不如前，显然不可能起兵作乱，耿精忠也再无侥幸心理，在皇帝面前连连叩头认罪。
朱慈炤知道耿家是崇祯年间投靠满洲的三顺王之一，对耿精忠自然是恨之入骨，如今耿精忠与尚之信暗中串通造反的证据确凿，实在很想把耿精忠的头砍下来。葛世振、许吉燝这些大明遗臣也纷纷上奏，要求处死耿精忠。
军机处当然不同意皇帝这么做。虽然耿精忠死有余辜，但耿氏旧部不少，马九玉、曾养性、白显忠这些人还都领兵在外，砍了耿精忠虽然痛快，却可能是给自己埋雷。大家商议之后，让毛渊明告诉皇帝，耿精忠的命必须留下，革去他的顺郡王爵，由他的儿子耿显祚继承，耿精忠本人随子养老。另外，顺郡王的藩领撤销，耿显祚和其他宗室王爷一样，在南京居住。
朱慈炤虽然不甚满意，但不好说什么，而且每次毛渊明都能把事情说成是“为了大明江山永固”，令朱慈炤无从发作。耿精忠躲过一死，自然也不敢再有怨言。耿显祚也不敢马上接受册封，一连上了两道奏疏推辞，最后在毛渊明的劝说下才战战兢兢地接受。
军机处又派范承谟再往福州一次，将耿精忠剩余的王府卫队解散，福建籍的士兵遣返回家，北方籍的士兵由参领蒋得鋐率领，前来南京接受整训。福州驻防城内全部房屋地产暂时收归朝廷，日后再行处理。
尚崇谧那边又是另一个情形。尚之信作乱战死，尚崇谧不敢以惇亲王世子自居，上疏请求撤藩。军机处也顺水推舟，宣布撤去惇亲王的藩领。基于和耿家相同的原理，尚崇谧可以袭爵，但因为尚之信有造反的实迹，惇亲王被降为惇郡王，也在南京居住。
不同的是，尚家丁口繁茂，尚可喜的儿子，也就是尚之信的兄弟竟有三十六个之多，再加上各种旁支，尚氏男丁就有近百人。这些人当中，有些如尚之隆，还在康熙那里当差；有些如尚之孝，已经死去；也有像尚之节那样，成为明军为朝廷效力的。军机处按照项绍宽的建议，将尚家全部暂时安置在南京城外，待日后再作调整。
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