李建成听从赵弘智之谏，决定前往仁智宫请罪。离开长安之后，便将所属官员全部留在六十里外堡栅，只带十多骑进见高祖，伏地叩头认罪。因用力过猛摔出，几乎晕死。
高祖余怒未消，将其囚禁；并遣司农卿宇文颖，速去传召杨文干。
宇文颖来到庆州，却将内里实情皆都告诉杨文干。于是杨文干骇惧，只得起兵造反。
高祖怒不可遏，乃遣左武卫将军钱九陇为帅，灵州都督杨师道副之，合兵攻击杨文干，平其叛乱。一面又传召秦王李世民，商量此事。
李世民道：杨文干狂妄叛逆，其幕府僚属若是不从其反，应已擒杀之矣。若非如此，当遣将伐之。
高祖道：杨文干之事牵连建成，恐响应人数众多。你须亲自前往平叛，归来时我当立你为太子。我今老矣，不愿效隋文帝诛杀己子，以致父子相残。届时可将建成降为蜀王，其地兵力薄弱，难以造乱。若其能够事奉，你应全其性命；如其不肯，你要派兵捉拿，也甚容易。
秦王世民听罢，沉默良久，乃辞父引兵，前往庆州。
高祖担心叛兵突然发难来攻，便连夜率领禁军从南面出山。行未数十里地，太子东宫所属官员相继到来归降投诚，伏地认罪。高祖分派军队包围看守，才又返回仁智宫。
李世民率兵出发以后，李元吉与嫔妃轮番进宫替李建成求情，封德彝又在外朝设法解救太子。高祖心软，复又改变初衷，又让李建成回至京城留守。
杨文干起事之后，迅速攻陷宁州，驱赶劫掠官民出城，并占据百家堡。秦王引军来到，杨文干党羽便全部溃散，继又被部下杀死，以其首级及宁州城投降。
秦王命将杨文干传首京城，复又擒获宇文颖，就地开刀问斩。
杨文干叛乱既平，秦王振旅还京，高祖大为赞赏。其后秦王欲请领兵西击突厥，高祖将欲许可，太子建成与齐王元吉又进谄言，反说秦王击贼是假，拥兵自重是真。
这一日，唐高祖在京城南面设场围猎，使太子李建成、秦王李世民、齐王李元吉三子随同，并命三子骑马射猎，角逐胜负。
李建成有匹胡马，性子极烈，且又最易欺生。太子故意装作友爱兄弟，将胡马交给李世民道：此马善跑，能越几丈宽阔涧。二弟且又善骑，何不一试？
李世民以为好意，便飞身上马，追逐野鹿。
那胡马忽然尥起后蹶，将李世民甩出数丈开外，脑袋撞向大石。李世民因见危险，急忙应变，身在空中，使个云里翻身，双脚落地，牢扎不动，距那巨石不到三尺。
那胡马奔跃而来，李世民再次上马，那马复尥，如此三次，终于驯服。
秦王得意，回顾宇文士及道：我生死系于上天，彼欲借此马害我，能得逞乎？
建成听到此言，乘机唆使父亲宠妃，奏于高祖：秦王自称上天授命，陛下岂不闻乎？
高祖大怒，遂将世民召至，厉色责道：真命天子乃上天授命，绝非人力谋求。你谋求帝位之心，何必这般急切！
李世民免冠叩头，流涕言道：请父皇将儿交付有司查讯，证儿从未说此等悖逆之语。
正说之间，适逢驿卒送来加急边报，报说突厥大兵入侵。
高祖这才息怒，转而劝勉李世民，让其复冠束带，命与李元吉率领兵马，由豳州出发抵御突厥，并亲在兰池为二子饯行。
此后每当发生敌情，高祖总是命令李世民前去讨伐，但在战事平息以后，对秦王猜疑却越发加重。秦王担心总有一天生变，遂命行台工部尚书温大雅镇守洛阳，以留后步。又派秦王府车骑将军张亮，率亲信王保等前往洛阳，暗中结交崤山以东豪杰。
齐王元吉告发张亮图谋不轨，高祖命将张亮交付有司考察。不论有司如何勘问，张亮只是一言不发，朝廷最终只得开释，命其返回洛阳。
李建成见屡次诬陷秦王不成，便不耐烦，遂召世民过府夜饮，暗中在酒中下毒。李世民酒方入喉，便即突然心痛，于席间吐血数升。
淮安王李神通闻讯而至，搀扶其返回西宫秦王府，并将此事上报天子。
高祖来到西宫，询问世民病情，敕令李建成道：秦王向来不善饮酒，从今以后，任谁不许再与其夜饮。
建成恐惧，诺诺连声。李渊明知太子图害秦王，因对李世民说道：首倡反隋之策，消灭敌雠，平定海内，都是卿之功劳。我本欲立你为太子，你却坚决推辞；况且建成年长，立为太子已久，羽翼已丰，并无大错，我也不忍心夺之。今见你兄弟似乎难以相容，一起在京，定要发生纷争。我欲派你返回洛阳行台，陕州以东都归你主宰。另许你设置天子旌旗，如汉梁孝王故事，未知可否？
李世民闻言大哭，以不愿远离父皇膝下为由推辞。
高祖说道：天下都是一家，东都与西都两地路程且近。朕若思念我儿，一纸诏命到达，你便可动身回来，不用烦恼悲伤如此。
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