刘毅部下士兵大都是北府军旧人，与王镇恶所领之军皆为父兄子弟，或中表亲戚。王镇恶便令士兵一边进击，一边大声呼道：太尉刘裕将军亲提三十万大军，战船五千只，自后即刻便至。尔等皆太尉旧部之兵，何必抗拒朝廷，自取灭门之罪？
刘毅部众得知是刘裕亲自率兵而来，各无斗志，于是溃散逃走。
一更时分，前阵散溃，刘毅帐前勇将赵蔡阵亡。但刘毅亲兵仍闭东、西二门抵抗。王镇恶恐其作困兽之斗，徒增士兵伤亡，遂令网开南门一面。
刘毅恐其南门有埋伏，于三更时率三百余人由北门突围。因事发突然，当时座骑还在城外，于是便使朱显之去其子刘肃民处取马。
刘肃民闻说讨马，却不愿给。朱显之怒道：敌人要取你父性命，公子却吝惜一匹战马，是欲自逃耶！你父若死，公子能逃走何处？
于是夺过刘肃民战马而归，交给刘毅乘骑，保其出于内城。
不料刘毅刚出北门，便遇见王镇恶军马拥入，突围不成。刘毅遂拨转马头，又驰至蒯恩军攻防之处突围。
蒯恩部兵作战一天，疲惫不堪，遂被刘毅从大城东门逃出，单人独骑投奔牛牧佛寺。
当初刘毅率兵围攻江陵，桓蔚战败之时，也是投奔到牛牧佛寺，寺僧释昌将桓蔚藏之；刘毅因在寺中搜出桓蔚，便以窝藏要犯之罪将释昌和尚杀死。
及至今日刘毅也逃到此地，寺僧认得，急关庙门拒之道：昔日亡师收容桓蔚，被刘将军所杀，今日实不敢收容外人也。
刘毅叹道：为法自弊，居然如此！我今为商鞅第二，死固当然。
叹罢，遂在庙外树上自缢而死。
次日寺僧开门，见到刘毅早已凉透，遂将其尸体至晋军大营。王镇恶便令斩首，其子侄也被擒获，皆令诛杀。
当此一战，王镇恶身先士卒，驰战攻门，身中五箭，手中大槊亦被射中折断。
直到江陵平定二十日后，刘裕方率大军到达。王镇恶引众将迎刘裕入城，献上刘毅及其子侄首级。
刘裕搜检刘毅部将，命诛杀郗僧施，赦毛修之等胁从；又晓谕诸军安抚城中百姓，令收刘毅之尸，归葬郊外。刘裕亲往其墓吊祭，再拜痛哭，哀恸愈恒。
诸将皆劝：刘毅造逆，自取其咎，将军何自苦如此！
刘裕顾谓众人：我回思昔日与刘毅共起义军，诛桓玄复晋室，同讨南燕逆王慕容超，共破卢循之叛，其功不下于孤。谁料其今日不听诸友之劝，非欲谋反，谁能救之！今思世事无常，人生恒变，故此恸心流涕，而不能止也。
诸将闻之，俱各潸然泪下，回思与刘毅并肩作战之时，犹如昨日情景，于是皆谓：刘毅是欲与刘裕相较，谋反并非本意，是死于不甘于刘裕之下、自己心胸狭窄之故耳。
刘裕由是还军，王镇恶因此战之功，被封为汉寿县五等子爵，食邑五百户。
刘毅既亡，辅国将军诸葛黎民劝说其兄诸葛长民道：今观刘毅之死，亦我诸葛氏将来下场。兄掌京畿，应趁刘裕未归，抢先动手。
诸葛长民叹道：人贫思贵，富贵之后则必危。今某欲为丹徒黎庶，不可得也！
于是寄书冀州刺史刘敬宣：刘毅狠毒暴戾，专横任性，自寻灭亡。今叛者皆灭，则可享天下太平也；若有富贵，愿与明公共享。
刘敬宣知其心怀异志，于是回书：某自义熙初年以来，忝任三州刺史，七郡太守，常恐福去祸降，故思避其太盈，宁可吃亏受损。公所谓富贵之意，恕某实在不敢承当。
回书已罢，且将诸葛长民来书送给刘裕。
刘裕见书说道：刘敬宣仍不辜负我也。
刘裕既平刘毅之乱，并杀郗僧施，遂吞并豫、江二州。鉴于江、荆二州凋敝残破，于是下令减免税役，并推广全国，对未作军用各州郡县屯田、池塘、边塞之税，一律免除。对于因战争被征发奴隶，也一律放还。
其时因西蜀谯纵占据益州，不服朝廷王化，刘裕即平江陵，便欲发兵讨之，于是问计于群僚，谁可领兵西进。
王镇恶进言道：末将推举一人，乃是沛县人朱龄石，字伯儿，曾与明公一同举义，共讨桓玄，攻克京师，现为西伯太守。此人武干谋略，若使为将，必能克蜀，并擒谯纵以归。
话犹未了，部将檀道济急出言道：朱龄石英名不着，亦无战功，必非谯纵敌手，益州定不能克，若至败师辱国，悔之不及。明公可别遣他将领兵前去，勿谓儿戏。
刘裕笑道：昔有东吴陆逊，今有我朝谢玄，皆未尝经历战阵，而能破敌百万之众。况朱龄石常随我领兵，孤素知其才能。镇恶之荐甚妥，今可用之，诸公勿忧。
于是遣人传檄，令召朱龄石火速入京。
朱龄石奉命进京，不拜天子，先来见太尉。
刘裕问道：我欲伐西蜀不臣，镇恶公荐卿有文武之才，若为主将西征，卿谓如何？
朱龄石答：臣重蒙拔擢，幸至西伯之守，常思报效明公，而无其径以入。今明公欲令西狩，臣何敢辞命！愿受大将军神策，仰仗主公虎威以行，则如主公亲自引兵前往。
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