崇祯十七年六月底，多尔衮经过一番准备后，率领满汉蒙十万大军绕道蒙古入寇。由于李自成骄傲自满，所以没有多加防范，在建虏抵达边墙时才得到消息，立即匆匆率部去抵御，结果几战不利，真正的见识到了建虏的厉害，也知道高升所言不虚，开始主要凭借坚城固守，其次寻机野战（再加上吴三桂的关宁军和高第加入了进来，充实了实力，所以没有历史上败得那么快）。而因为这些失利，闯军损失了不少物资，而且战斗消耗非常大，对后勤需求越来越大，黄金放在那里不能吃，自然是准备越多的粮食和马料越好，于是双方的贸易合作越来越多，高升来者不拒。然后再将这些黄金周转成白银、大米、马料、盐等战略物资。
朝廷的一些官员知道高升不作限制的与闯军贸易，便弹劾高升资敌，可在高升拿出三百万两银子给户部，再在崇祯支持下，反对的声音也被压了下去。同时，崇祯放心的宣布三饷正式取消。
有钱有粮，再加上有权，高升正式开始招兵买马，他亲自去浙江等地去遴选矿工、纤夫等，严格筛选出五千人（并且不断增加，一直到三万人）。为了加强机动，全部用骑兵，但是战马的问题让高升头痛，他用了各种手段囤积战马，同时抽出一些精干练习侦察的技能。并让李若琏训练锦衣卫精英。
高升在国外收购几支燧发枪，拆成零件，燧发机也拆成零件，分几个工厂分别加工。钢管一头钻孔，一头堵住，侧边再打个孔，和现代枪管有很大区别，所以别人也想不到高升是来做枪用的。
刺刀，则到一个政策相对宽松的国家去订做。（崇祯也问过高升在现代社会采购新式军火的想法，高升向其灌输现代军火杀伤力大，而且法律很严格，对人命很重视，别说军火，就算是刀具也被管制，比如今的大明更严。所以自己有钱也弄不到军火，否则很容易被官府知道，然后被关进大牢。国内管得严，高升只要有钱，在国外想办法搞一些应该不是很难，可他自然不会和崇祯说，这不是自找麻烦吗？谁想到在面前的一个人可以突然掏出一支杀伤力恐怖的武器出来也会心慌，更何况崇祯疑心也很重。所以，就算搞到了，也不能拿出来用。）
南京城的一些权贵看到高升的产业规模越来越大，赚得盆满钵满，以魏国公为首的很是心动，威逼利诱不成，甚至想要害高升性命。高升在崇祯的支持下，猛烈反击，予以重创，也进一步强化了高升在南京的地位。
毕竟闯军的建虏的实力还是摆在那里，虽然闯军很顽强，还是败多胜少，京师以北的几十座城池沦陷，建虏甚至一度肆虐到了山东。
周围形势严峻，李自成感觉大顺军已经无法再长期坚守京师，于是决定退回陕西（崇祯十七年九月下旬），主动放弃了北直隶，建虏随即控制了大明京师，声势大涨（崇祯按照高升的建议，下诏谴责李自成将汉家王朝几百年的都城拱手让于建虏，是汉家的罪人，希望他能够戴罪立功）。
经过这样的重大失败，李自成的疑心颇重，再加上吴三桂在几次战斗中没有全力以赴，疑之，吴三桂感觉到了危险，也觉得李自成败局已定，为了自己的前途，于是先一步投清。
吴三桂投清，进一步加深了李自成的疑心，然后在牛金星的谗言下，冤杀李岩，宋献策出走来投高升。这进一步导致大顺军式微。
十月初，两军战于河北保定、定州，吴三桂刚投清军不久，急于表现，所以作战很勇猛，大顺军两度受挫。在真定又经过一天激战，互有胜负，李自成好不容易才摆脱，经固关退入山西太原府。这时，位于太原府北面的大同总兵姜镶已经和阿济格投降，留在这里很容易被建虏两面夹击。李自成继续南撤，只是留陈永福驻守太原。
十一月，主力渡黄河向陕西进入西安府。多尔衮和众臣商议，迁都北京。
崇祯按照高升的建议，立即写信给李自成，表示愿意出兵协助，从山东直取北直隶，策应大顺军。如果大顺军有请求，大明也可以派军进河南援助，此举为了显示大明是很遵从当初的约定。李自成自然没有意见。
崇祯十七年十一月二十一日，立即命令黄得功和高杰各领一路兵马进山东予以策应。由于多尔衮的主力已经调往山西、陕西和河南北部，在山东留驻的兵马不多，而且也没想到大明会主动帮助李自成，疏于防范。（同时，高升将一些配备了无线电的探子放入河南、并深入陕西等地，以探查最新战报。）
黄得功和高杰也算是两员猛将，在山东取得了几场胜利，消息传到京师之后，果然让多尔衮大惊，连忙抽出东路的豪格部前来应击。由于明军的素质整体上要差不少，而且黄得功和高杰二人也互不信任，导致先后落败，退出山东（豪格没有继续追击，多尔衮也不让他追击，因为攻灭南京这么大的功劳，他肯定会给自己的兄弟，而不会让豪格这个死对头得此大功）。
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