其次，他还是朱棣靖难成功的大功臣。建文四年，朱棣统兵一路向南，直达长江北岸，距京师应天府只一江之隔，奈何却无船只渡江，只能望“京”兴叹。
建文帝匆忙派遣陈瑄统领水师，镇守南京江防，以抵御燕军，可陈瑄却直接倒戈，率领水师投诚，用战船助朱棣渡江，其后便追随他攻入京师，改天换地。朱棣登基之后，念其大功，封他为平江伯。
最后，他还非常有才。永乐元年，朱棣封陈瑄为漕运总兵，总揽海运之事，他建造粮仓，修筑卫城，还开展互市，甚至还带着水师打起了海盗倭寇，干的那叫一个风生水起。
后来朱棣决定迁都，迁都就要江南的粮食长期供应北京行在，考虑到海运成本太高，风险又大，于是又派他疏通运河。陈瑄立刻又化身水利行家，他因地制宜，疏通会通河、开凿清江浦、修筑闸门、修建长堤，使得漕船可以直抵黄河。运河疏通之后，陈瑄就专门负责漕运之事，这几年来，朝廷运送漕粮再不用走海运，节省费用不计其数。
所以陈瑄这人不但带兵有方，打仗勇猛，还很会管理漕运，做啥啥都行，干啥啥在行，加之靖难有大功，朱棣焉能不喜欢？朝堂之上又有几人敢和他造次？
纪纲曾经身为锦衣卫指挥使的时候，虽然嚣张跋扈，目中无人，但陈瑄却是少有的他惹不起的人之一，这中间除了不敢惹，惹不过之外，还有两人关系不错的缘由，因为当年陈瑄投靠，朱棣极为看重他，常唤至榻前与之攀谈，而纪纲又是朱棣的贴身护卫，这一来二去，就相互熟络了。
这也是汤宗对纪纲说陈瑄是他老相识，而纪纲又极为了解陈瑄的原因。但两人关系虽不错，却并不代表陈瑄和纪纲是一丘之貉，他反而很通情达理，明辨是非。
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